Jonathan Moya ha sido una figura perseguida por la polémica desde que regresó a Alajuelense en enero del 2024, ya que en algunas ocasiones ha dado más de qué hablar por situaciones extracancha, que por su labor en el terreno de juego.
Desde que volvió al cuadro erizo, el atacante marcó 20 goles en tres torneos, nueve en el Clausura 2024, seis en el Apertura 2024 y cinco en el Clausura 2025 para un total de 57 partidos a nivel nacional.
Más allá del tema de los goles, los cuales han venido a menos, y ser un jugador que se ha identificado profundamente con el club y los colores, el aficionado ha perdido la paciencia con él, al punto de pedir su salida.
Luego están los episodios polémicos que lo rodean, en diciembre, pese a ser una actividad personal agendada con meses de anticipación, a la gente le cayó muy mal verlo casarse el 28 de diciembre del 2024, un día después de perder la final del Clausura ante Herediano.
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Tres meses después, tuvo una diferencia con un aficionado manudo, muy activo en redes sociales, llamado Esteban Amador, más conocido como Piolo, a quien le pidió retirarse en una zona mixta, molesto por las críticas que este le ha hecho públicamente.
En aquella ocasión el asunto se hizo viral y la opinión se dividió entre los que le dieron la razón al futbolista y los que no, pero la polémica no faltó y posteriormente, Moya tuvo que salir a aclarar lo sucedido.
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En abril del 2025, tuvo un encontronazo con algunos aficionados en las afueras del estadio Morera Soto, tras un partido que acabó 0-0 ante Sporting. Los fiebres lo esperaron para encararlo y recriminarle por su rendimiento y el del equipo en general.
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Ahora, apenas empezando el semestre, vuelve a estar en la mira por mandar a callar a la afición al celebrar un gol el pasado jueves ante el Plaza Amador de Panamá, por la Copa Centroamericana, situación por la que tuvo que disculparse, horas después.
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Su falta de química con la afición es un tema que en La Teja le habíamos cuestionado y respondió que “así es el fútbol, en un momento estás arriba y la gente te sigue mucho”, como le ocurrió en el 2020 cuando ganó el título 30 con los manudos con un gol suyo ante Herediano.